Signierte E-Mails bieten den Vorteil, den legitimen Absender einer Nachricht als solchen zu verifizieren. S/MIME Zertifikate bieten auch die Möglichkeit, E-Mails end-to-end zwischen den Kommunikationspartnern zu verschlüsseln. Der Austausch der öffentlichen Schlüssel per E-Mail ist Voraussetzung für das Verschlüsseln. Beim Verfassen einer signierten E-Mail wird dann das S/MIME-Zertifikat angeheftet. Damit wird dem Empfänger der öffentliche Schlüssel übermittelt; dieser kann die E-Mail ebenfalls signiert beantworten. Nach Austausch der öffentlichen Schlüssel können nun beide Kommunikationspartner die E-Mails verschlüsselt versenden.